ミスト〜北の洞窟 ※天の精霊書を買う
- パン屋のジョイスの店で回復、彼女の話を聞く
- 北の洞窟へ行き「カイヨワのめ」を採ってくる
- ジョイスの店へ戻り芽を焼いてもらう
レジスタンスのアジト〜コンシスト
- ミストからロープネットワークに乗る
- レジスタンスに遭遇しアジトへ連行される
- ミディアが一時離脱。モットが仲間に
- コンシストの町へ行くとキーナが仲間に加わる（最後尾の傭兵が外れる）
- 町の牢屋へ行く。キーナと戦闘後、入れ替わりでダナが仲間に
- 町を脱出しアジトへ戻る
- モットとダナが離脱しミディアが復帰する。
モットと話して「みっしょ」を入手
カロン〜カロンの塔
- ロープネットワークに乗りカロンへ
- 宿屋でジョイスと話した後、宿の主人に向かって「みっしょ」を使う
- カロンの南西にある塔へ行き「ひかりのたね」を入手。
３階の宝箱からハイボトル入手 - カロンの宿に泊まる（無料）。宿を出て「むしゃのたましい」と戦闘。
祭壇に向かう。「むしゃのたましい」×２と戦闘。ボス「ガラナ」を倒す
東のアジト ※水の精霊書を買う
- カロンの南東（ロープネット乗り場から南）へ行く
- レジスタンスの男が立っているので話しかける。
「みっしょ」を使うか、もう一度話しかけてアジトへ入る
ロキ〜南の神殿
- ロキの市長の頼みを引き受ける
- 南の神殿へ。ボス「スイグウノヌシ」を倒し「ライガのみたま」入手
- ロキの町からパレードと共に出発する
ゼイゴスの神殿
- ゼイゴスと話す。傭兵が全て外れ、ボス「ロキアーナス」と戦闘に（必ず負ける）
- 牢の中でしばらく待つ。ウェルダがやってきて仲間になる
- 北の階段から神殿上部へ。コームの武具を回収する
- コームの武具を装備してロキアーナスを倒す。
ウェルダ離脱。神殿を脱出
神々の御座（地下）
- 神殿地下の炎の扉の前で「ソフィのかんむり」を使う
- 地底弾道特急に乗りセントラルステーションへ
- 北の階段から神々の御座の内部へ。２階で「ソフィのころも」を入手
- ３階の階段から２階へ降り「ソフィのけん」を入手
- ６階の右の宝箱から「ソフィのゆびわ」を入手
- セントラルステーションへ戻り、ソフィのアイテムで扉を開けていく
水の扉（衣）…魔法学校へ
空の扉（指輪）…生命研究所（メガボトルと「ソフィのくつ」入手）
土の扉（靴）…地底実験工場（メガボトル入手）
ラツーク〜レイヨルド（ダスタン島）
- ラツークのロープネットワークに乗りレイヨルドへ
- チェズニの母に会う
- 漁師の家で船を出してもらう。
ダスタン島へ行きサンダーセイバー等を入手 - レイヨルドの自宅へ戻る。ボス「アローンげんすい」を倒す
- 部屋にあるベッドを調べ船を見つける
- 外海へ出て陸半球のアイテム回収。
ナスクオトの海岸でギガボトル入手
海の神殿〜グランツーク ※心の精霊書を買う
- 海半球の南東にある神殿へ。ピアズと話をする
- 一万年前のレナスへワープ。コーム、ソフィと出会う。
「コームのけん」「コームのかぶと」「コームのよろい」を預かる - グランツークへ送ってもらい市長と話をする
- 市長の家１階の棚からギガボトル入手
- 塔にいるボス「ガブニードス」と戦闘。
ストラボの背に向かって「コームのけん」を使う - コーム達の小屋へ到達する。兜と鎧を返却する
- ソフィと話し試練を受ける。ボス「じゃしんドース」を倒す
- 問いかけに答えるとチェズニが土の精霊とゾンドの呪文を習得。
時めぐる船に乗り現代へ帰る
魔法学校〜ダル・グレン
- バーサスの町で装備を整える
- ミストのザランと話しメガボトルをもらう
- 魔法学校へ行き校長と話す
- 「ソフィのころも」を使って扉を開け、神々の御座の地下へ
- セントラルステーション北の階段を上っていく
- レクロンの山を経てダル･グレン内部へ。奥にいる人物と会う
- ボス「ゼイゴス」を倒す
- ラスボスを倒す。エンディングへ