ミスト北の洞窟
芽を採りに行く前に、ミストのザランから「おとなのみずぎ」をゲットしておくのを忘れないように。洞窟には緑の芽が大量に生えているが、これらは全て偽物。奥にある赤い色の芽だけが本物だ。
宝…クールーのはね、グボのミルク、ナイフブーツ、カイヨワのめ
カロンの塔
ボベクス（ひかりのとびら）が使えないダンジョン。敵の数も多いので、危険な時はいったん探索を中断して出口に急ごう。一気にスタート地点まで戻れる落とし穴もいくつかある。
塔は6階まであり、左・中央・右の3つのエリアに分かれている。
以下、全ての宝を手に入れる方法（一例）。
・スタート地点で「せいれいのローブ」を取り、6階まで登る
・6階の「玉のカード」「空のカード」を取り、南側にある穴に落ちる
・4階の中央エリアに着地。「おはらいぼう」を取る
・階段を降りて「ハイボトル」を取り、左上の穴に落ちる
・2階の中央エリアに着地。「ひかりのたね」を取る
右の壁が隠し通路になっているので通り抜ける
右エリアで「こだいのたて」を取り、階段を登る
・3階で「こだいのかぶと」を取り、階段を登る
・4階で「こだいのよろい」を取り、階段を登る
・5階で「こだいのけん」を取る
左の壁が隠し通路になっているので通り抜ける
・中央エリアで「さけのにおい」を取り、左下の穴に落ちる
・4階に着地。そのまま上方向に進み、左上隅の穴に落ちる
・1階に着地。隠し通路を通って右エリアに移動し、穴に落ちる
・1階の右エリアに着地。「ふきや」を取って外に出る
宝…１階（せいれいのローブ、ふきや） ２階（ひかりのたね、こだいのたて）
３階（ハイボトル、こだいのかぶと） ４階（おはらいぼう、こだいのよろい）
５階（さけのにおい、こだいのけん） ６階（玉のカード、空のカード）
カロン
HP1200 攻撃250 防御135 速度205
経験値1300 所持金280 アイテム：なし
3回〜5回前後、ランダムに物理攻撃を仕掛けてくる。1人に攻撃が集中すると危険なので、バイシスが使えるなら唱えておく。ガラナに対してはダウンレロムが有効。さらにバイダデルで攻撃要員をパワーアップさせてひたすら叩こう。推奨レベルは30前後。
ロキ南の神殿
出現するザコ敵の所持金が多いので、稼ぎには絶好のダンジョン。チェズニのガスズゼコンやミディアのダイボバドンで一気に倒そう。
宝…水のカード、空のカード、さけのにおい、ライガのみたま
HP1500 攻撃220 防御170 速度220
経験値1680 所持金1000 アイテム：なし
神殿の3つめのパネルを調べると出現するボス。物理攻撃（回数はランダム）とモミソゴーンの呪文を使用する。バイシサダーとバイモモボーで守りを固め、ケカンの呪文で集中攻撃しよう。バン・ラザブを雇っている場、「めばえのけん」で攻撃するとかなりの確率で動きを止めることができる。楽に倒せるのでおすすめ。
ゼイゴスの神殿
牢から出てすぐの場所でボトルの補充（無料）とセーブが可能。このエリアには戻ってくることができないので傭兵は2人とも雇っておくこと。コームの武具は最終的に無くなってしまうので、古代シリーズ等の予備の装備があると楽に進める。
宝…コームのけん、コームのかぶと、コームのよろい
HP798 攻撃500 防御50 速度165
経験値3000 所持金0 アイテム：なし
最初の戦闘はイベント扱いなので必ず敗北する。2回目はウェルダの忠告どおり、3つのコームの武具を装備していないと倒せない。有効な攻撃は「コームのけん」のみ。チェズニ以外の仲間は回復や補助に専念。バイダデルをかけて3〜4回攻撃が当たれば勝ち。
神々の御座・地下
セントラルステーションを拠点にして各エリアを探索。まずは北の階段から御座を6階まで登って全ての宝を回収。ステーションに戻って「ソフィのゆびわ」で空の扉を開け、生命研究所へ行き「ソフィのくつ」を入手（地上1階の壁にすり抜けられる箇所がある）。再びステーションに戻って土の扉を開け、地底実験工場の宝を回収。最後に「ソフィのころも」で水の扉を開けて魔法学校に戻ろう。
宝…御座
２階（サイコビーム、ソフィのころも、ソフィのけん）
３階（かえんほうしゃき、コスモスーツ、コスモブーツ、はんしゃシールド）
６階（コスモメット、ソフィのゆびわ）
研究所
地下１階（天のカード、空のカード、水のカード、メガボトル、土のカード）
地上１階（さけのにおい、ソフィのくつ）
工場
地下１階（土のカード、空のカード、水のカード、クールーのはね、
メガボトル、水のカード、グボのミルク）
地上１階（火のカード、しっぷうのけん）
ダスタン島〜レイヨルド
ダンジョンに入った時点でレイヨルド襲撃のイベントが発生する。アイテム入手に拘らないならすぐに引き返してストーリーを進めてもいい。船入手〜過去の世界に行く直前までの間なら再探索が可能。
宝…地下１階（ヌメヌメのあせ、天のカード、グラビティブーツ、かぎ）
地下２階（フォトンほう、サンダーセイバー）
HP1500 攻撃415 防御198 速度295
経験値8000 所持金1700 アイテム：なし
1人への物理攻撃のほか、ガスズゼコンも使ってくる。とはいえダメージはそれほど高くないのでレベル40前後あれば楽勝。攻撃呪文ならケカン、補助呪文ならモムロックやバイダデルが有効。
外海
まずはレイヨルドからまっすぐ東へ進み小屋で回復。その後、島や海岸付近を船で回る。サウンドテストができる建物は船でしか入れない（場所はドウボー北の海岸・天のカードが入っている宝箱の南の山の陰）。ギガボトルは後からでも回収可能。
宝…海半球
レイヨルド東の小屋がある島（まよけのたま）
小屋の南の島（土のカード） 南東の島（さけのにおい）
東のはずれの島（水のカード）
陸半球：ナスクオト
ドウボー北の海岸（天のカード） 北東の山の陰（ギガボトル）
西の島（心のカード）
グランツーク（ガブニードスの塔）
イベント終了後は過去の世界に行けなくなるので、グランツークで買えるものは全て買っておいたほうがいい。ギガボトルの入手も忘れずに。
HP2000 攻撃420 防御220 速度300
経験値10000 所持金800 アイテム：なし
最大5回のランダムな物理攻撃と全体への爆撃（ガスズゼコンに見えるが物理属性）を行う。1ターンあたりに仲間が受けるダメージは100〜300といったところ。攻撃呪文はあまり効かないのでバイダデル＋殴りで倒す。ナノバックでダメージを反射する手段も有効。ギガボトルを装備していれば安定して戦える。
ゾンドの試練
ドースにできるだけ接触せずに中央を目指す。まずはまっすぐ上に歩いてから最初の角を右に曲がり、すぐさま引き返した後、マップ左側から大きく回って目的地へ。ドースに接触してもゾンドを得るまでは倒せないので逃げること。
HP800 攻撃700 防御999 速度300
経験値2000 所持金0 アイテム：なし
イベント戦。ゾンド習得前はどうやっても倒せないが、万が一チェズニが倒されてしまってもゲームオーバーにはならない。ゾンド習得後は一発で倒せる。
神々の御座・地下
構造は変わっていないが出現する敵がより強力になっている。精霊の習熟度が低い状態で突入すると苦戦を強いられるので、ここに来る前に他のエリア（敵の弱い場所）で習熟度を稼いで全体攻撃呪文の威力を上げておこう。
（次がラスボスです。連戦になります。）
ダル・グレン
神々の御座の終点（レクロン山頂）から内部へ。マップはそれほど広くない。ボス攻略には運も絡むが、安全に倒したいならレベル53以上を推奨。
HP1100 攻撃750 防御260 速度250
経験値0 所持金0 アイテム：なし
戦闘前に予備のボトルで全員のＨＰを満タンにし、チェズニを後方に下げておく。
ゼイゴスの攻撃手段は単体または複数への爆撃。どちらも威力はかなり高い。グラフィックは炎の呪文と同じだが実際は物理属性らしく、ナノバックでダメージを返せるようになっている。よってナノバックの使い手を揃えておけば早いターンで倒すことができ、ギガボトルの使用回数を節約できる。ゾンドの呪文と物理攻撃も有効。なお、ゼイゴスは一度ＨＰが尽きると第二形態ともいうべき姿に変身する。能力値の変化は見られないが油断は禁物。
HP6000 攻撃660 防御600 速度280
経験値0 所持金0 アイテム：なし
まずはバイダドムで全員の素早さを上げ、次いでバイシサダー等で守りを固める。後はギガボトルで回復をしながらゾンドの呪文で攻撃するのみ。他にダメージを与えられる手段はモミソゴーンの呪文とナノバックによる跳ね返し。
ゼイゴスとカイマートは1ターンにそれぞれ一度ずつ行動する。
・ゼイゴス…最大5回の物理攻撃（ランダム）or爆撃×2（※）
・カイマート…1人に爪攻撃or全体に炎攻撃（※）
※全てナノバックでダメージを反射できる。